SPYRAKIS, Francesca

SPYRAKIS, Francesca  

Dipartimento di Scienze degli Alimenti (attivo dal 20/07/2012 al 31/12/2016)  

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Titolo Data di pubblicazione Autore(i) File
A fast empirical scoring method for docking and virtual screening 1-gen-2007 Cozzini, Pietro; Spyrakis, Francesca; A., Amadasi; Mozzarelli, Andrea; G. E., Kellogg
A new approach for investigating protein flexibility based on Constraint Logic Programming. The first application in the case of the estrogen receptor 1-gen-2012 DAL PALU', Alessandro; Spyrakis, Francesca; Cozzini, Pietro
A novel Bim-BH3-derived Bcl-XL inhibitor: biochemical characterization, in vitro, in vivo and ex-vivo anti-leukemic activity 1-gen-2008 R., Ponassi; B., Biasotti; V., Tomati; S., Bruno; A., Poggi; D., Malacarne; G., Cimoli; A., Salis; S., Pozzi; M., Miglino; G., Damonte; Cozzini, Pietro; Spyrakis, Francesca; Campanini, Barbara; L., Bagnasco; N., Castagnino; L., Tortolina; A., Mumot; F., Frassoni; A., Daga; M., Cilli; F., Piccardi; I., Monfardini; M., Perugini; G., Zoppoli; C., D'Arrigo; R., Pesenti; S., Parodi
Allosteric communication between alpha and beta subunits of tryptophan synthase: modelling the open-closed transition of the alpha subunit 1-gen-2006 Spyrakis, Francesca; Raboni, Samanta; Cozzini, Pietro; Bettati, Stefano; Mozzarelli, Andrea
The allosteric interplay between S-nitrosylation and glycine binding controls the activity of human serine racemase 1-gen-2020 Marchesani, F.; Gianquinto, E.; Autiero, I.; Michielon, A.; Campanini, B.; Faggiano, S.; Bettati, S.; Mozzarelli, A.; Spyrakis, F.; Bruno, S.
Bound Water at Protein-Protein Interfaces: Partners, Roles and Hydrophobic Bubbles as a Conserved Motif 1-gen-2011 M. H., Ahmed; Spyrakis, Francesca; Cozzini, Pietro; P. K., Tripathi; Mozzarelli, Andrea; J. N., Scarsdale; M. A., Safo; G. E., Kellogg
CO rebinding kinetics and molecular dynamics simulations highlight dynamic regulation of internal cavities in human cytoglobin 1-gen-2013 M., Gabba; Abbruzzetti, Stefania; Spyrakis, Francesca; F., Forti; Bruno, Stefano; Mozzarelli, Andrea; F. J., Luque; Viappiani, Cristiano; Cozzini, Pietro; M., Nardini; F., Germani; M., Bolognesi; L., Moens; S., Dewilde
Comparative analysis of inner cavities and ligand migration in non-symbiotic AHb1 and AHb2 1-gen-2013 Spyrakis, Francesca; F., Lucas; A., Bidon Chanal; Viappiani, Cristiano; V., Guallar; F. J., Luque
Complexity in modeling and understanding protonation states: computational titration of HIV-1 protease inhibitor complexes 1-gen-2007 A., Tripathi; M., Fornabaio; Spyrakis, Francesca; Mozzarelli, Andrea; Cozzini, Pietro; Ge, Kellogg
Computational study of the role of bridging water molecules in the energetics of protein-ligand binding 1-gen-2004 M., Fornabaio; Cozzini, Pietro; Spyrakis, Francesca; Mozzarelli, Andrea; D. J., Abraham; G. E., Kellogg
Computational titration analysis of a multiprotic HIV-1 protease-ligand complex 1-gen-2004 Spyrakis, Francesca; Fornabaio, M; Cozzini, Pietro; Mozzarelli, Andrea; Abraham, Dj; Kellogg, Ge
Correct protonation states and relevant waters = better computational simulations? 1-gen-2013 Spyrakis, Francesca; Dellafiora, Luca; Da, C; Kellogg, Ge; Cozzini, Pietro
Current Topics in Medicinal Chemistry 1-gen-2011 Spyrakis, Francesca; Aurijit, Sarkar; Cozzini, Pietro; Glen E., Kellogg
Design of O-acetylserine sulfhydrylase inhibitors by mimicking Nature. 1-gen-2010 E., Salsi; A., Bayden; Spyrakis, Francesca; A., Amadasi; Campanini, Barbara; Bettati, Stefano; Cozzini, Pietro; G. E., Kellogg; P. F., Cook; T., Dodatko; S. L., Roderick; Mozzarelli, Andrea
Different roles of protein dynamics and ligand migration in non-symbiotic hemoglobins AHb1 and AHb2 from Arabidopsis thaliana 1-gen-2007 Bruno, Stefano; Faggiano, Serena; Spyrakis, Francesca; Mozzarelli, Andrea; Elena, Cacciatori; Paola, Dominici; Elena, Grandi; Abbruzzetti, Stefania; Viappiani, Cristiano
Docking and Scoring in Drug Discovery 1-gen-2010 Spyrakis, Francesca; Cozzini, Pietro; G. E., Kellogg
Editorial [Hot topic: Applying Induced Fit in Drug Discovery: Square Pegs and Round Holes? (Guest Editors: Francesca Spyrakis, Pietro Cozzini, Aurijit Sarkar and Glen E. Kellogg)] 1-gen-2011 Spyrakis, Francesca; Cozzini, Pietro; A., Sarkar; G. E., Kellogg
Energetics of the protein-DNA-water interaction 1-gen-2007 Spyrakis, F; Cozzini, P; Bertoli, C; Marabotti, A; Kellogg, Ge; Mozzarelli, A.
Energy-based code for preferential amino acid-base recognition 1-gen-2008 Spyrakis, Francesca; Marabotti, ANNA CLAUDIA; A., Facchiano; Cozzini, Pietro; G. E., Kellogg; D. J., Abraham; Mozzarelli, Andrea
Energy-based prediction of amino acid-nucleotide base recognition 1-gen-2008 Marabotti, ANNA CLAUDIA; Spyrakis, Francesca; Facchiano, A; Cozzini, Pietro; Alberti, S; Kellogg, Ge; Mozzarelli, Andrea