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Enhancing Graph Database Indexing By Suffix Tree Structure 1-gen-2010 Bonnici, Vincenzo; Ferro, A; Giugno, Rosalba; Pulvirenti, A; Shasha, D.
An integrated system for mining relations among microRNAs, drugs and phenotypes 1-gen-2012 Pulvirenti, A; Giugno, R; Di Bella, S; Nigita, G; Macca, V; Giummarra, A; Garofalo, D; Caruso, G; Bonnici, V; Ferro, A
Core algorithms to search in biological structured data 1-gen-2012 Bonnici, V; Giugno, R; Pulvirenti, A; Shasha, D; Ferro, A
GRAPES: a Software for Parallel Searching on Biological Graphs targeting Multi-core Architectures 1-gen-2013 Giugno, Rosalba; Bonnici, V; Bombieri, N; Pulvirenti, A; Ferro, A; Shasha, D.
A subgraph isomorphism algorithm and its application to biochemical data 1-gen-2013 Bonnici, Vincenzo; Giugno, Rosalba; A., Pulvirenti; D., Shasha; A., Ferro
Comprehensive reconstruction and visualization of non-coding regulatory networks in human 1-gen-2014 Bonnici, Vincenzo; Francesco, Russo; Bombieri, Nicola; Alfredo, Pulvirenti; Giugno, Rosalba
A knowledge base for the discovery of function, diagnostic potential and drug effects on cellular and extracellular miRNAs 1-gen-2014 Francesco, Russo; Sebastiano Di, Bella; Bonnici, Vincenzo; Alessandro, Laganà; Giuseppe, Rainaldi; Marco, Pellegrini; Alfredo, Pulvirenti; Giugno, Rosalba; Alfredo, Ferro
Informational and Relational Analysis of Biological Data 1-gen-2015 Bonnici, Vincenzo
InfoGenomics Tools: a computational suite for informational analysis of genomes 1-gen-2015 Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo
NetMatchStar: an enhanced Cytoscape network querying app 1-gen-2015 Rinnone, F; Micale, G; Bonnici, V; Bader, G; Shasha, D; Ferro, A; Pulvirenti, A; Giugno, R
Recurrence distance distributions in computational genomics 1-gen-2015 Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo
A scoring methodology for an integrated network of non-coding RNAs and genetic diseases 1-gen-2015 Bonnici, V; Franco, G; Bombieri, N; Pulvirenti, A; Giugno, R
DTWeb: a web-based application for Drug-Target interaction prediction through domain-tuned network-based inference 1-gen-2015 Alaimo, S; Bonnici, Vincenzo; Cancemi, D; Ferro, A; Giugno, Rosalba; Pulvirenti, A.
APPAGATO: an APproximate PArallel and stochastic GrAph querying TOol for biological networks 1-gen-2016 Bonnici, Vincenzo; Busato, Federico; Micale, Giovanni; Bombieri, Nicola; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba
Informational laws of genome structures 1-gen-2016 Bonnici, Vincenzo; Manca, Vincenzo
On the variable ordering in subgraph isomorphism algorithms 1-gen-2017 Bonnici, Vincenzo; Giugno, Rosalba
Arena-Idb: a platform to build human non-coding RNA interaction networks 1-gen-2018 Bonnici, Vincenzo; De Caro, Giorgio; Constantino, Giorgio; Liuni, Sabino; D'Elia, Domenica; Bombieri, Nicola; Licciulli, Flavio; Giugno, Rosalba
Genetic Alteration of MicroRNA Affecting Cancer Pathways 1-gen-2018 Scoyni, Flavia; Bonnici, Vincenzo; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba
miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers 1-gen-2018 Russo, Francesco; Di Bella, Sebastiano; Vannini, Federica; Berti, Gabriele; Scoyni, Flavia; Cook, Helen V; Santos, Alberto; Nigita, Giovanni; Bonnici, Vincenzo; Laganà, Alessandro; Geraci, Filippo; Pulvirenti, Alfredo; Giugno, Rosalba; De Masi, Federico; Belling, Kirstine; Jensen, Lars J; Brunak, S. Ren; Pellegrini, Marco; Ferro, Alfredo
cuRnet: an R package for graph traversing on GPU 1-gen-2018 Bonnici, Vincenzo; Busato, Federico; Aldegheri, Stefano; Akhmedov, Murodzhon; Cascione, Luciano; Arribas Carmena, Alberto; Bertoni, Francesco; Bombieri, Nicola; Kwee, Ivo; Giugno, Rosalba
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